Керівними органами Фонду є адміністративна рада та виконавча дирекція.
Адміністративна рада Фонду складається з п'яти осіб і формується шляхом делегування до її складу одного представника Кабінету Міністрів України, двох представників Національного банку України, одного представника профільного комітету Верховної Ради України та директора-розпорядника Фонду.
Адміністративна рада Фонду щорічно обирає голову адміністративної ради Фонду з числа її членів.
Олександр Зима директор Юридичного департаменту Національного банку України Голова адміністративної ради Фонду Світлана Рекрут директор-розпорядник Фонду гарантування вкладів фізичних осіб Галина Пахачук Директор Департаменту фінансового контролінгу Національного банку України Володимир Боголій заступник директора Департаменту фінансової політики - начальник відділу з питань банківських послуг та координації взаємодії з Національним банком Міністерства фінансів
Склад адміністративної ради Фонду
Директор-розпорядник Фонду призначається на посаду та звільняється з посади адміністративною радою Фонду більшістю від її складу.
Директор-розпорядник Фонду має заступників, які призначаються та звільняються ним за погодженням з адміністративною радою Фонду. Кількість заступників директора-розпорядника Фонду визначається штатним розписом, але не може перевищувати чотири особи.
Виконавча дирекція Фонду складається з семи членів. Директор-розпорядник Фонду та його заступники входять до складу виконавчої дирекції Фонду за посадою. Персональний склад виконавчої дирекції Фонду затверджує адміністративна рада Фонду за поданням директора-розпорядника.